Em Alma Gêmea, Rafael (Eduardo Moscovis) passará por uma grande transformação. O botânico, que é obcecado pela memória da sua falecida esposa, Luna (Liliana Castro), finalmente reconhecerá e aceitará seu amor por Serena (Priscila Fantin), e por quem ela é. Essa mudança ocorrerá após Serena salvar a vida dele.
Rafael descobre que Cristina (Flávia Alessandra) tentou matar Serena, assim como havia feito com Luna. Revoltado, ele expulsa a vilã da sua casa. No entanto, a vilã provoca um incêndio que quase mata Rafael. Gravemente ferido, o mocinho fica acamado, sem conseguir se mover ou falar.
Durante sua recuperação, Cristina se aproveita da situação, desviando a fortuna de Rafael e negligenciando seu tratamento. Serena, determinada a salvar o homem que ama, consegue resgatar Rafael com a ajuda dos amigos e o leva para o sítio de Crispim (Emilio Orciollo Netto) e Mirna (Fernanda Sousa), onde cuida dele da melhor forma.
Assim, Rafael consegue se recuperar e começa a enxergar Serena não como uma substituta de Luna, mas como uma pessoa única e valiosa na sua vida. Ele expulsa Cristina e Débora (Ana Lúcia Torres) da sua casa e convida Serena para morar com ele, mas a jovem recusa, afirmando que não se casará enquanto ele ainda estiver legalmente casado com Cristina.
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Rafael, no entanto, se declara para Serena e revela que já não a vê como um reflexo de Luna. “Você cuidou de mim. Usou a sua sabedoria, o conhecimento do seu povo para me trazer de volta. Agora eu vejo você, Serena. É a mesma alma, a alma da Luna que voltou com outra sabedoria, mas você me salvou. Eu nunca vou me esquecer disso”, dirá ele.
Rafael revela seu desejo de consertar sua vida com Serena ao seu lado e a pede novamente em casamento, ressaltando que precisará de tempo para oficializar a união. Tocada pela sinceridade dele, Serena aceita o pedido de casamento, afirmando que não precisa de tempo.
“Eu caso com você amanhã, logo ao entardecer”, falará a índia. Já no dia seguinte, o casal realiza uma simbólica cerimônia à beira de um riacho nas terras do roseiral, selando seu amor e compromisso um com o outro.